Po wyrwaniu się z objęć Hiszpanii i ogłoszeniu w 1821 roku niepodległości, Peru potrzebowało świetnie wykształconych specjalistów, którzy pomogliby budować młode państwo, zintegrować terytorium i pobudzić gospodarkę. Sprowadzano ich często z Europy. Jednym z nich był urodzony na Wołyniu, syn i brat powstańców listopadowych, absolwent paryskiej École Polytechnique i École Nationale des Ponts et Chaussées inżynier Ernest Malinowski.
Przez pierwsze lata organizował w Peru szkolnictwo techniczne, pracował przy budowach czy renowacji różnych obiektów użyteczności publicznej i pomagał w przeprowadzeniu reformy monetarnej.
Wobec zagrożenia wojną ze strony Hiszpanii w 1866 roku opracował plany fortyfikacji portu Callao i wziął udział w bitwie, gdzie dowodził jednostkami artylerii. Flota hiszpańska została rozbita, a Malinowski, który był ojcem tego zwycięstwa, w uznaniu zasług otrzymał tytuł bohatera narodowego i honorowe obywatelstwo Peru.
Ale on się dopiero rozkręcał.
Jedną z najważniejszych kwestii dla rozwoju młodego państwa była infrastruktura kolejowa. Ten projekt powierzono właśnie Ernestowi Malinowskiemu. To przedsięwzięcie wymagało tytanicznej pracy. Polak zaprezentował pomysł, który wielu uznało za niewykonalny. Był to projekt budowy linii kolejowej ze skomplikowanym systemem mostów przerzucanych nad przepaściami i tuneli wykuwanych w litych skałach, na wysokościach bliskich 5 tys. metrów.
Prace nad Koleją Transandyjską – cudem ówczesnej technologii – rozpoczęto w 1870 roku. Jednak coraz gorsza sytuacja finansowa kraju sprawiła, że od 1874 roku inwestycja zaczęła być zagrożona. Malinowski, który osobiście uczestniczył w nadzorowaniu prac zrezygnował z wynagrodzenia. Cięto wszelkie możliwe koszty. W 1878 roku oddano pierwszy odcinek trasy, jednak ze względu na kryzys gospodarczy i wojnę z Chile musiano przerwać budowę – prace wznowiono dopiero kilkanaście lat później.
Nie znaczy to, że Malinowski zwolnił tempo. Wyemigrował do Ekwadoru, gdzie nie tylko projektował szlaki kolejowe, ale również zaangażował się w prace kartograficzne, które w przyszłości pozwoliły precyzyjnie wyznaczyć granicę miedzy Peru, Brazylią a Ekwadorem. Był również współzałożycielem Sociedad Geográfica de Lima – stowarzyszenia stawiającego sobie za cel badanie środowiska naturalnego Ameryki Południowej .
Zawsze podkreślał, że jest Polakiem. Na wielu jego projektach obok nazwiska figuruje dopisek: „Pologne/Polonia”. W peruwiańskich Andach, na przełęczy Ticlio, w najwyższym punkcie Kolei Transandyjskiej (4818m) stoi pomnik z inskrypcją : “Ernest Malinowski 1818-1899, inżynier polski, patriota peruwiański, bohater obrony Callao 1866, budowniczy Centralnej Kolei Transandyjskiej”.
