Stefan Witkowski uważany był za geniusza.
Urodził się 3 kwietnia 1903 roku w Moskwie, w rodzinie polskich lekarzy. Studiował na na Politechnice Warszawskiej i Politechnice Paryskiej.
W 1931 roku założył w Genewie firmę Stevit, której prace subsydiowały polskie władze wojskowe. Skonstruował uniwersalny silnik napędzany różnym rodzajem paliwa. Jazdę motocykla z tym eksperymentalnym silnikiem obserwował marszałek Edward Rydz-Śmigły i gen. Włodzimierz Maxymowicz-Raczyński, dowódca broni pancernej. Pracował nad konstrukcją szybkiej łodzi motorowej i niewielkim akumulatorem o ogromnym zasobie energii. Uzyskał w Szwajcarii kilka patentów, jednak niewiele wiadomo na temat wszystkich jego niezwykłych wynalazków – były one pilnie strzeżone przez polski wywiad.
Po wybuchu II wojny światowej stworzył pierwszą, największą i najskuteczniejszą organizację wywiadowczą w Polsce – Muszkieterów. Pracowała ona głownie dla wywiadu brytyjskiego. Dokumentowała hitlerowskie zbrodnie, przekazywała informacje o ruchach niemieckich jednostek, przemyśle zbrojeniowym, danych technicznych produkowanego sprzętu wojskowego, drogach i liniach kolejowych czy lotniskach. W jej strukturach pracowało wielu arystokratów, co ze względu na koligacje rodzinne znacznie ułatwiało kontakty w całej Europie.
Nie chciał podporządkować swojej organizacji ZWZ i porozumiewał się z Londynem bezpośrednio. Domagał się większego finansowania, a ponieważ uważał, że ZWZ został spenetrowany przez obce służby, również do podporządkowania sobie całej działalności wywiadowczej polskiego podziemia.
Mimo, iż ZWZ doprowadziło do scalenia z Muszkieterami, Stefan Witkowski został pozbawiony dowództwa organizacji, a następnie 18 września 1942 roku zabity przez grupę egzekucyjną AK przebraną w mundury niemieckiej żandarmerii. Do jego ubrania przypięto kartkę z napisem: „Największy polski bandyta”.
Niektórzy twierdzą, iż powodem były jego kontakty z wywiadem sowieckim i niemieckim, inni, że był to akt zemsty kierownictwa ZWZ wobec Witkowskiego, który odmówił przekazania im swoich agentów głębokiego wywiadu i nie chciał do końca zrezygnować z niezależności. Informacje dostarczane przez Muszkieterów były wyjątkowo cenne, a jego organizacja łamała monopol ZWZ i była jednym z beneficjentów funduszy przyznawanych na cele wywiadowcze.
Według niektórych hipotez na przełomie 1941 i 1942 roku Witkowski wspólnie z marszałkiem E. Rydzem-Śmigłym podjęli próbę porozumienia się z Niemcami widząc największe zagrożenie w Sowietach. W 1943 roku, rok po wykonaniu wyroku na Witkowskim, wywiad niemiecki dotarł do dokumentów zamachu przygotowywanego na Hitlera i Göringa, którego mieli dokonać włoscy i niemieccy oficerowie w głównej kwaterze Hitlera w Wilczym Szańcu w Gierłoży. Wszystkie niemieckie ślady prowadziły do Muszkieterów i Witkowskiego.
Nikt nie próbował wyjaśnić dlaczego komendant główny Armii Krajowej gen. Stefan Grot-Rowecki przez rok ukrywał wykonanie wyroku przed zwierzchnikami, dlaczego zadecydował o śmierci twórcy największej i najlepszej organizacji wywiadowczej w Polsce, oskarżając go o najhaniebniejsze czyny i dlaczego wyrok został wykonany bez akceptacji władz w Londynie. Bardzo dziwne jest także to, że już następnego dnia rozpoczęła się obława gestapo na Muszkieterów, którzy nie weszli do ZWZ. Niemcy bardzo szybko trafili oni do siedziby Muszkieterów w Podkowie Leśnej. Ocalał tylko głęboki wywiad, o którym wiedział tylko Witkowski. Nie wiadomo, kto tak dobrze prowadził Niemców i kto wskazywał kolejne adresy.
Zwłoki Witkowskiego za astronomiczna kwotę pół miliona złotych wykupiła od Niemców aktorka Mieczysława Ćwiklińska, również Muszkieterka i była jedyną osoba towarzysząca mu w jego ostatniej drodze.
Muszkieterowie byli doskonale zorganizowani i zakonspirowani – na ponad 800 osób działających w organizacji w ciągu dwóch lat działalności straty wyniosły tylko 10 zabitych i 13 osadzonych w obozach koncentracyjnych. Muszkieterowie, którzy przeżyli wojnę, swoje związki z organizacja zachowali w tajemnicy. Nie przyznawali się ani do znajomości z Witkowskim, ani do służby w organizacji – ta informacja mogła ich kosztować życie. Tak najprawdopodobniej było w przypadku Krystyny Skarbek czy hrabiny Teresy Łubieńskiej. Zetknęli się z największą polską tajemnicą lat wojny i skandalem politycznym, który mógł zmienić bieg historii i ta wiedza mogła okazać się zabójcza.
